ფონდი კრისტალი, როგორც არასამთავრობო და არაკომერციული ორგანიზაცია, დაარსდა 2004 წელს, მცირე ბიზნესის განვითარების პროგრამის ბაზაზე, რომელიც განხორციელდა საქართველოს ოკუპირებული ტერიტორიებიდან იძულებით გადააგდილებულ პირებზე ორიენტირებული ადგილობრივი არასამთავრობო ორგანიზაციის – საქველმოქმედო ჰუმანიტარული ცენტრი „აფხაზეთი“-ს
(CHCA) მიერ.
2007 წლამდე, მოწყვლადი ჯგუფების თვითკმარობის ამაღლებისა და საქართველოში სიღარიბის დაძლევის ხელშეწყობისთვის, ფონდი კრისტალი ახორციელებდა მიკროსაფინანსო საქმიანობას და ფუნქციონირებდა როგორც სპეციალიზებული მიკროსაფინანსო ფონდი; კერძოდ, ახორციელებდა მიკრო, მცირე და საშუალო ბიზნესის მხარდაჭერას და უზრუნველყოფდა მცირე მეწარმეებს ადვილად ხელმისაწვდომი, სწრაფი და მაღალხარისხიანი ფინანსური მომსახურებით. ფონდის მიზნობრივ ჯგუფს წარმოადგენდა საქართველოში მცხოვრები, დაბალი შემოსავლების მქონე ეკონომიკურად აქტიური მოსახლეობა, რომელიც განსაკუთრებულად საჭიროებდა ეფექტურ ფინანსურ მხარდაჭერას.
2007 წლიდან, რეორგანიზაციის გზით, ფონდმა მირკოსაფინანსო საქმიანობა გადასცა სს. მისო „კრისტალს“ და საგანმანათლებლო, სოციალური და სათემო განვითარების ამოცანების შესრულება დაისახა მიზნად.
2009 წლიდან, ფონდი ფოკუსირდა ახალი ტექნოლოგიების როლის ზრდაზე ფინანსური მომსახურების ხელმისაწვდომობის ამაღლებაში. 2010-2013 წლებში, ფონდმა განახორციელა სოფლის მეურნეობის განვითარების საერთაშორისო ფონდის (IFAD) პროექტი – „მობილური გზავნილები საქართველოს სოფლის მოსახლეობისთვის“, რომელიც მიზნად ისახავდა საქართველოს სოფლის მოსახლეობის ფინანსური ჩართულობის გაუმჯობესებას.
2013-2015 წლებში, ფონდმა გააფართოვა საქმიანობის არეალი. გადაიდგა პირველი ნაბიჯები ქართულ- ბრიტანული ურთიერთობების ინიციატივის ფარგლებში. საფუძველი ჩაეყარა: ფინანსური განათლების, მშვიდობის მშენებლობის, კანონის უზენაესობის, პოლიტიკის დიალოგის, ახალგაზრდების მეწარმეობისა და საგზაო უსაფრთხოების ინიციატივებს. ფონდის მმართველ გუნდს შემოუერთდნენ ბრიტანელი წევრები. ამაღლდა გრანტების მართვის, ანგარიშგებისა და გამჭვირვალობის სტანდარტები.
უკვე 2015 წლის ბოლოდან, საერთაშორისო ორგანიზაციების მხარდაჭერითა და ადგილობრივ პარტნიორ ორგანიზაციებთან თანამშრომლობით, ფონდმა დაიწყო მასშტაბური პროექტები და აქტივობები ახალი ინიციატივების განსახორციელებლად, მათ შორის:
2019 წლიდან, ფონდის პრიორიტეტების სიას დაემატა ქალთა ეკონომიკური გაძლიერების მიმართულება. ფონდის პროგრამამ – YES-Georgia – ამჯერად უკვე, სახელწოდებით – „ახალგაზრდების და ქალთა მეწარმეობის მხარდაჭერა საქართველოში“ – მოიპოვა ქალთა გლობალური განვითარებისა და კეთილდღეობის (W-GDP) ინიციატივის მხარდაჭერა.
